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第一天手術(shù)切除的標(biāo)本固定在10%的中性福爾馬林溶液中。組織標(biāo)本的固定是所有后續(xù)病理檢查的基礎(chǔ)。目的是保持離體的組織不會(huì)發(fā)生腐敗以及自融，使細(xì)胞的形態(tài)得到良好的保存。手術(shù)切除的標(biāo)本固定要12小時(shí)到24個(gè)小時(shí)。第二天經(jīng)過充分固定的標(biāo)本在病理醫(yī)師和技師的配合下完成取材工作，將手術(shù)切除的標(biāo)本通過肉眼觀察，將有代表性的腫瘤組織切成2×2厘米，厚度在2~3個(gè)毫米左右的組織塊。取材后的組織塊要放入自動(dòng)脫水機(jī)進(jìn)行組織的脫水浸蠟處理。脫水和浸蠟的程序大約需要10小時(shí)。第三天脫水后的組織塊經(jīng)過石蠟包埋制作成蠟塊，再經(jīng)過切片、染色、封片等制作成病理切片。一張病理切片的制作大約需要40多個(gè)步驟。經(jīng)過這么多步驟以后切片才能交到病理醫(yī)師的手中。第四天病理醫(yī)師將制作好的病理切片放在顯微鏡下觀察，結(jié)合患者的病史臨床表現(xiàn)綜合判斷，得出最終的病理診斷。第五天病理醫(yī)師將得出結(jié)論的病理報(bào)告審核、打印、簽名，形成最終的病理報(bào)告。

一般來說，目前臨床上所提給的這種組織，都是臨床醫(yī)生明確在某個(gè)部位取的活檢進(jìn)行了穿刺，臨床醫(yī)生提供給的病理檢查申請單都會(huì)很詳細(xì)的標(biāo)注，比如說是在宮頸取的活檢，或者是在乳腺進(jìn)行的穿刺，這些都是很明確的，臨床醫(yī)生會(huì)直接提供給病理醫(yī)生詳細(xì)的部位信息，對于有一些臨床醫(yī)生很難通過肉眼很難判斷，是哪一種組織，或者是哪一種類型，這個(gè)時(shí)候就要通過病理來進(jìn)行確定，這個(gè)時(shí)候可以通過在顯微鏡下，來通過細(xì)胞形態(tài)，以及組織結(jié)構(gòu)，來進(jìn)行判斷，因?yàn)槿梭w不同的組織，是有不同的特定的形態(tài)，通過肉眼很難判斷，但是可以通過顯微鏡來進(jìn)行進(jìn)一步的明確，還有一種就是在手術(shù)過程中，很難判斷究竟是哪一種組織，這個(gè)時(shí)候可以通過術(shù)中快速冰凍，來進(jìn)行組織判斷，這個(gè)時(shí)候就叫冰凍的環(huán)境，這種術(shù)中快速冰凍檢查，可以通過術(shù)中冰凍的病理，來判斷究竟是哪一種組織，會(huì)給臨床醫(yī)生一份詳細(xì)的報(bào)告，來告訴他究竟是哪一種組織。

分子病理是在DNA或者是RNA水平的檢測與研究對于腫瘤的DNA或者RNA的檢測方法有多種，常用的方法以及用途有幾下幾種：第一，PCR檢測方法，這種方法可以檢測目前已知的基因突變類型，如肺癌中的EGFR的基因檢測。通過檢測發(fā)現(xiàn)是否存在已知的突變類型，從而為靶向藥物的選擇，提供依據(jù)使腫瘤的治療更加精準(zhǔn)。第二，熒光原位雜交，也就是FISH檢測方法。這種方法通常用來檢測基因是否存在異位重排或者擴(kuò)增，如乳腺癌或者胃癌中的HER2基因的檢測如果發(fā)現(xiàn)有HER2基因擴(kuò)增，就是應(yīng)用靶向藥物的適應(yīng)癥。此外FISH的檢測也可以發(fā)現(xiàn)特異性的基因異位或重排，在多種軟組織腫瘤中有重要作用，比如滑膜肉瘤中SYT基因的檢測。第三，就是基因測序。這種方法也是用來發(fā)現(xiàn)基因是否存在突變從而為靶向藥物的篩選提供依據(jù)。

分子病理主要是對病理中的基因改變進(jìn)行的一些檢測。我們現(xiàn)在手段很多，比如有阿姆斯法，又叫熒光定量PCR，還有高通量二代測序、熒光原位雜交等分子病理檢測的手段?，F(xiàn)在最常用的就是阿姆斯法，阿姆斯法是熒光定量PCR。它是通過一些快捷的手段，對肺癌、結(jié)直腸癌、乳腺癌、胃癌的一些分子病改變，做一個(gè)靶向基因的檢測。