1966年經(jīng)國家科委批準，1979年恢復組建成立。1985年四川省中醫(yī)藥研究院成立，四川省中醫(yī)研究所劃歸四川省中醫(yī)藥研究院，1987年更名為\"四川省中醫(yī)藥研究院臨床醫(yī)學研究所\"，同時劃分成立了\"四川省中醫(yī)藥研究院針灸經(jīng)絡研究所\"。1996年四川省中醫(yī)藥研究院臨床醫(yī)學研究所又更名為\"四川省中醫(yī)藥研究院臨床醫(yī)學研究所\"，并經(jīng)批準，中醫(yī)研究所和針灸經(jīng)絡研究所分別增掛了\"四川省中醫(yī)藥研究院中醫(yī)醫(yī)院\"和\"四川省中醫(yī)藥研究院針灸?？漆t(yī)院\"牌子，均屬四川省中醫(yī)藥管理局直屬醫(yī)療單位。2007年，兩所合并組建為\"四川省中醫(yī)藥科學院中醫(yī)研究所（四川省中醫(yī)藥科學院針灸經(jīng)絡研究所）\"，醫(yī)院合并為\"四川省第二中醫(yī)醫(yī)院\"。醫(yī)院（研究所）占地16605平方米，編制病床300張，是集醫(yī)療、科研于一體的國家二級甲等中醫(yī)醫(yī)院，四川省精品中醫(yī)醫(yī)院建設單位，四川省級文明單位，系省、市機關、企事業(yè)單位離休干部定點醫(yī)院，省、市、區(qū)城鎮(zhèn)職工基本醫(yī)療保險和工傷保險定點醫(yī)療機構，成都市中小學生、嬰幼兒住院醫(yī)療互助金定點醫(yī)院，四川省新型農(nóng)村合作醫(yī)療定點醫(yī)療機構，成都市機動車駕駛人員體檢醫(yī)療機構。

醫(yī)院人才薈萃，名醫(yī)云集。曾擁有一批醫(yī)技精湛、德高望重的老一輩知名的中醫(yī)、中西醫(yī)結合專家，如全國著名骨傷專家杜瓊書、董玉成；內(nèi)科專家陸干甫、傅燦冰、劉伯堯；肝膽病專家廖孔禹；血液病專家蔣慧均；兒科專家馮世祥、鮑光奕、楊瑩潔、姚邦垣；針灸專家李伯寧等，現(xiàn)擁有一批繼承了幾代名老專家診療技術、具有豐富臨床實踐經(jīng)驗、在省內(nèi)外同行專家中享有盛名的中西醫(yī)學科、學術帶頭人和中青年技術骨干，以及享受國務院政府特殊津貼專家、四川省學術技術帶頭人、省衛(wèi)生廳、省中醫(yī)藥管理局學術技術帶頭人、四川省首屆十大名中醫(yī)和四川省名中醫(yī)。高素質的人才隊伍為高品質的醫(yī)療服務提供了堅實的保障。

醫(yī)院開設了門診部和住院部，科室齊全，設有內(nèi)科、外科、婦科、骨科、老年病科、肛腸科、兒科、眼科、耳鼻喉科、口腔科、針灸科、康復科、皮膚科、醫(yī)療美容科、急診科等臨床診療科室，以及檢驗科、放射科、功能檢查科、病理室、藥劑科、制劑室和手術室等醫(yī)技科室。其中，老年病科為國家\"十一五\"重點?？平ㄔO單位，骨科為省中醫(yī)骨傷骨病重點研究機構，肛腸科為省中醫(yī)重點?？?，中風、痤瘡、腎病為省中醫(yī)重點專病建設單位。

醫(yī)院科研豐碩。建有4個國家中醫(yī)藥科研二級實驗室，臨床研究室6個，承擔了國家各級科研課題近百項，其中，獲科技成果獎40余項，獲國家專利6項。

醫(yī)院始終堅持\"仁愛、和諧、務實、創(chuàng)新\"服務理念，\"病人至上、服務至上\"的服務宗旨，\"博愛、精業(yè)、進取、團結\"的醫(yī)院精神，發(fā)揮中醫(yī)藥特色，采用現(xiàn)代科技手段，以中醫(yī)、中西醫(yī)結合的診療優(yōu)勢、高質量的技術、人性化的服務、合理的價格為廣大人民群眾的健康服務。