醫(yī)院始建于1956年，2009年中央編辦批復(fù)成立國家心血管病中心，正式形成“中心—醫(yī)院”一體化格局。醫(yī)院分為臨床醫(yī)療區(qū)和預(yù)防研究區(qū)。臨床醫(yī)療區(qū)（阜成門外院區(qū))，總用地面積5.53萬平方米，總建筑面積15.7萬平方米；預(yù)防研究區(qū)（門頭溝西山園區(qū)）總用地面積7.33萬平方米，總建筑面積目前為3.7萬平方米，未來將達到7.7萬平方米。

　　醫(yī)院設(shè)有41個病房，26個手術(shù)室（其中包含4個復(fù)合技術(shù)手術(shù)室），13個導(dǎo)管室，1521張編制床位數(shù)，實際開放床位數(shù)1238張（截止2017年12月31日）。在職員工3209人，院士6人，國家級、省部級有突出貢獻專家17人，享受政府津貼77人，中高級職稱專業(yè)技術(shù)人員1158人。同時，配備有血管造影機、雙源CT、核磁共振、PET-CT等與世界接軌的醫(yī)療科研設(shè)備。

　　醫(yī)院融入大量影像、網(wǎng)絡(luò)和信息技術(shù)打造的可視化手術(shù)平臺，便于術(shù)者在手術(shù)中隨時掌握所需決策依據(jù)，為精準治療提供保障，并為遠程會診、國際交流、人才培養(yǎng)等提供了有力支撐；手術(shù)室自動發(fā)衣系統(tǒng)、對接醫(yī)囑的智能藥柜等的使用，改善了工作流程，以現(xiàn)代化、信息化手段提升醫(yī)院管理效率，真正成為人流、物流、信息流“數(shù)據(jù)化”全覆蓋的現(xiàn)代化醫(yī)院。

　　醫(yī)院科學(xué)合理地調(diào)整學(xué)科配置及規(guī)模，以整合醫(yī)學(xué)為視角，堅持以心血管疾病防治為主，協(xié)調(diào)規(guī)劃與發(fā)展相關(guān)重點學(xué)科。醫(yī)院現(xiàn)有臨床中心20個，涵蓋心血管病內(nèi)科、外科疾病診療中心、實驗技術(shù)平臺以及心血管疾病相關(guān)疾病診療中心。