醫(yī)院于1987年經(jīng)原國(guó)家計(jì)委批準(zhǔn)興建。1993年正式落成開(kāi)診。1998年，由原北京市衛(wèi)生局批復(fù)為三級(jí)綜合醫(yī)院，1999年，通過(guò)評(píng)審確立為三級(jí)合格醫(yī)院。隨著歷次政府機(jī)構(gòu)改革，先后由煤炭工業(yè)部、國(guó)家煤炭工業(yè)局、國(guó)家安全生產(chǎn)監(jiān)督管理局、國(guó)家安全生產(chǎn)監(jiān)督管理總局、應(yīng)急管理部領(lǐng)導(dǎo)。

醫(yī)院編制床位515張，現(xiàn)有職工972人。其中高級(jí)職稱(chēng)198人，博士82人，碩士170人。設(shè)有38個(gè)醫(yī)療、醫(yī)技科室，開(kāi)展了80余個(gè)專(zhuān)業(yè)的診斷和治療工作。呼吸內(nèi)科、腫瘤內(nèi)科專(zhuān)業(yè)具有較強(qiáng)優(yōu)勢(shì)，氣管鏡介入治療走在專(zhuān)科醫(yī)療技術(shù)的前沿。心內(nèi)科、骨科、普外科、職業(yè)病科、中醫(yī)科、影像科等學(xué)科具有一定特色和優(yōu)勢(shì)。

醫(yī)院醫(yī)療設(shè)備先進(jìn)，擁有核磁共振儀2臺(tái)、CT機(jī)3臺(tái)、數(shù)字減影血管造影機(jī)2臺(tái)及其他高端醫(yī)療設(shè)備340余臺(tái)套。

建院以來(lái)，醫(yī)院先后榮獲多項(xiàng)榮譽(yù)。連續(xù)13次獲中央國(guó)家機(jī)關(guān)文明單位稱(chēng)號(hào)，連續(xù)9次獲首都衛(wèi)生系統(tǒng)文明單位，先后獲全國(guó)三八紅旗單位、北京市衛(wèi)生先進(jìn)紅旗單位、北京市公共衛(wèi)生文明單位、北京市衛(wèi)生系統(tǒng)先進(jìn)集體。

2002年底，中編辦批準(zhǔn)在煤炭總醫(yī)院設(shè)立“國(guó)家安全生產(chǎn)監(jiān)督管理局(國(guó)家煤礦安全監(jiān)察局)礦山醫(yī)療救護(hù)中心”。2005年9月，更名為“國(guó)家安全生產(chǎn)監(jiān)督管理總局礦山醫(yī)療救護(hù)中心”。中心作為礦山應(yīng)急救援體系的載體之一，承擔(dān)組織、建設(shè)全國(guó)礦山醫(yī)療救護(hù)體系的職能，指導(dǎo)、協(xié)調(diào)、實(shí)施礦難傷員醫(yī)療救護(hù)等方面的工作。設(shè)立了1個(gè)國(guó)家礦山救護(hù)中心、42個(gè)省級(jí)礦山醫(yī)療救護(hù)分中心，成立全國(guó)礦山醫(yī)療救護(hù)專(zhuān)家組，建成了較為完善的礦山醫(yī)療救護(hù)體系。在全國(guó)多起重特大型礦難事故中出動(dòng)應(yīng)急醫(yī)療救護(hù)力量，救治傷員共計(jì)兩萬(wàn)余人次。搶救成功率保持在95%以上。在2003年抗擊“非典”、2008年抗震救災(zāi)戰(zhàn)斗中，醫(yī)院積極投身，救死扶傷，不畏艱險(xiǎn)，攻堅(jiān)克難，表現(xiàn)出色，受到表彰。

2018年12月，中編辦批復(fù)煤炭總醫(yī)院更名為應(yīng)急總醫(yī)院。醫(yī)院將秉承“以人為本、患者至上、嚴(yán)謹(jǐn)和諧、創(chuàng)新發(fā)展”的院訓(xùn)，不忘初心，牢記使命，砥礪奮進(jìn)，繼承和發(fā)揚(yáng)光榮傳統(tǒng)，在繼續(xù)為社會(huì)提供優(yōu)質(zhì)醫(yī)療服務(wù)的同時(shí)，緊緊圍繞應(yīng)急管理部的職責(zé)和使命，服務(wù)應(yīng)急管理事業(yè)，全面提升應(yīng)急救援醫(yī)療能力，打造一支素質(zhì)過(guò)硬、作風(fēng)優(yōu)良的應(yīng)急救援醫(yī)療隊(duì)伍。