醫(yī)院于1987年經(jīng)原國家計委批準興建。1993年正式落成開診。1998年，由原北京市衛(wèi)生局批復(fù)為三級綜合醫(yī)院，1999年，通過評審確立為三級合格醫(yī)院。隨著歷次政府機構(gòu)改革，先后由煤炭工業(yè)部、國家煤炭工業(yè)局、國家安全生產(chǎn)監(jiān)督管理局、國家安全生產(chǎn)監(jiān)督管理總局、應(yīng)急管理部領(lǐng)導(dǎo)。

醫(yī)院編制床位515張，現(xiàn)有職工972人。其中高級職稱198人，博士82人，碩士170人。設(shè)有38個醫(yī)療、醫(yī)技科室，開展了80余個專業(yè)的診斷和治療工作。呼吸內(nèi)科、腫瘤內(nèi)科專業(yè)具有較強優(yōu)勢，氣管鏡介入治療走在?？漆t(yī)療技術(shù)的前沿。心內(nèi)科、骨科、普外科、職業(yè)病科、中醫(yī)科、影像科等學科具有一定特色和優(yōu)勢。

醫(yī)院醫(yī)療設(shè)備先進，擁有核磁共振儀2臺、CT機3臺、數(shù)字減影血管造影機2臺及其他高端醫(yī)療設(shè)備340余臺套。

建院以來，醫(yī)院先后榮獲多項榮譽。連續(xù)13次獲中央國家機關(guān)文明單位稱號，連續(xù)9次獲首都衛(wèi)生系統(tǒng)文明單位，先后獲全國三八紅旗單位、北京市衛(wèi)生先進紅旗單位、北京市公共衛(wèi)生文明單位、北京市衛(wèi)生系統(tǒng)先進集體。

2002年底，中編辦批準在煤炭總醫(yī)院設(shè)立“國家安全生產(chǎn)監(jiān)督管理局(國家煤礦安全監(jiān)察局)礦山醫(yī)療救護中心”。2005年9月，更名為“國家安全生產(chǎn)監(jiān)督管理總局礦山醫(yī)療救護中心”。中心作為礦山應(yīng)急救援體系的載體之一，承擔組織、建設(shè)全國礦山醫(yī)療救護體系的職能，指導(dǎo)、協(xié)調(diào)、實施礦難傷員醫(yī)療救護等方面的工作。設(shè)立了1個國家礦山救護中心、42個省級礦山醫(yī)療救護分中心，成立全國礦山醫(yī)療救護專家組，建成了較為完善的礦山醫(yī)療救護體系。在全國多起重特大型礦難事故中出動應(yīng)急醫(yī)療救護力量，救治傷員共計兩萬余人次。搶救成功率保持在95%以上。在2003年抗擊“非典”、2008年抗震救災(zāi)戰(zhàn)斗中，醫(yī)院積極投身，救死扶傷，不畏艱險，攻堅克難，表現(xiàn)出色，受到表彰。

2018年12月，中編辦批復(fù)煤炭總醫(yī)院更名為應(yīng)急總醫(yī)院。醫(yī)院將秉承“以人為本、患者至上、嚴謹和諧、創(chuàng)新發(fā)展”的院訓(xùn)，不忘初心，牢記使命，砥礪奮進，繼承和發(fā)揚光榮傳統(tǒng)，在繼續(xù)為社會提供優(yōu)質(zhì)醫(yī)療服務(wù)的同時，緊緊圍繞應(yīng)急管理部的職責和使命，服務(wù)應(yīng)急管理事業(yè)，全面提升應(yīng)急救援醫(yī)療能力，打造一支素質(zhì)過硬、作風優(yōu)良的應(yīng)急救援醫(yī)療隊伍。