醫(yī)院始建于1985年，原為廣州市腫瘤醫(yī)院。2000年，在廣州醫(yī)學(xué)院（現(xiàn)更名為廣州醫(yī)科大學(xué)）時任校長的鐘南山院士親自對廣州市腫瘤醫(yī)院進(jìn)行考察，將腫瘤醫(yī)院納為“廣州醫(yī)學(xué)院臨床腫瘤研究中心”。2006年1月，廣州市政府正式將廣州市腫瘤醫(yī)院劃歸廣州醫(yī)學(xué)院，自此醫(yī)院正式成為廣州醫(yī)學(xué)院直屬附屬醫(yī)院。2013年，隨著廣州醫(yī)學(xué)院升格為廣州醫(yī)科大學(xué)，醫(yī)院再次更名為廣州醫(yī)科大學(xué)附屬腫瘤醫(yī)院。2015年底，醫(yī)院成為全國首批通過新的三甲評審標(biāo)準(zhǔn)的腫瘤專科醫(yī)院，躋身于華南地區(qū)一流腫瘤?？漆t(yī)院之列。 
    醫(yī)院堅(jiān)持以國家深化醫(yī)療衛(wèi)生體制改革方針政策為導(dǎo)向，圍繞學(xué) 校高水平大學(xué)建設(shè)任務(wù)，以學(xué)科建設(shè)為核心，以人才匯聚為根本，以質(zhì)量與安全為基礎(chǔ)，以精細(xì)化管理為抓手，促進(jìn)醫(yī)、教、研全面發(fā)展。 
    目前,醫(yī)院開放床位數(shù)1000余張，2018年出院病人4萬人次，平均住院日8天。幾十年來，醫(yī)院緊跟國際腫瘤學(xué)科發(fā)展的趨勢，臨床學(xué)科全面推行單病種分科，內(nèi)科、外科、放療科全面完成了亞專業(yè)方向的劃分。醫(yī)院目前擁有25個臨床?？?、13個醫(yī)技科室，在崗在職1150人，其中高級職稱206名，博士生導(dǎo)師39人，碩士生導(dǎo)師82人。醫(yī)師隊(duì)伍中博士以上學(xué)歷占23%，碩士以上學(xué)歷達(dá)到78%，形成一支年輕化、具備國際化視野與知識結(jié)構(gòu)的高水平專家隊(duì)伍。 
    醫(yī)院先后引進(jìn)PET-CT、3.0T核磁共振、容積調(diào)強(qiáng)等直線加速器5臺、能譜CT、SPECT-CT、大孔徑CT等一系列高精尖醫(yī)療設(shè)備。 
    醫(yī)院還承擔(dān)廣州市腫瘤研究所、廣州醫(yī)科大學(xué)腫瘤研究所建設(shè)任務(wù)，成功創(chuàng)建廣州市轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，并建立腫瘤分子檢測中心等專業(yè)實(shí)驗(yàn)室和腫瘤生物資源庫，形成具有自身特色的高水平腫瘤基礎(chǔ)和臨床研究平臺、轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)創(chuàng)新平臺。 
    經(jīng)過三十余年的風(fēng)雨淬煉，醫(yī)院成為國家住院醫(yī)師規(guī)范化培訓(xùn)基地，是國家食品藥品監(jiān)督局認(rèn)定的藥物臨床試驗(yàn)機(jī)構(gòu)（GCP）,先后獲“廣東省醫(yī)用輻射安全放心示范單位”，國家衛(wèi)計(jì)委“改善服務(wù)創(chuàng)新醫(yī)院”“醫(yī)療扶貧貢獻(xiàn)獎”“扶貧榜樣獎”，廣東省衛(wèi)計(jì)委、廣州市衛(wèi)計(jì)委“廣東省健康促進(jìn)示范醫(yī)院”等榮譽(yù)稱號。